Program Penguatan Pendidikan karakter yang dilaksanakan di SD Ar Rafi’ BHS terintegrasi dalam setiap kegiatan pembelajaran yang mecakup nilai-nilai Religius, Nasionalis, Integritas, Mandiri, dan Gotong Royong.

Sebagai bentuk implementasi dari nilai-nilai Pendidikan Karakter tersebut, SD Ar Rafi’ BHS mengemas pembelajaran yang didalamnya memuat ayat Al-Qur’an dan Hadist. Selain itu, dalam pembelajaran juga terdapat Mahfudzot atau nasehat-nasehat Islami yang diharapkan menjadi pengingat bagi peserta didik di dalam menjalankan kehidupan sehari-hari, sehingga peserta didik dapat saling mengingatkan dalam kebaikan dengan menggunakan Mahfudzot.

Pendidikan karakter juga dicontohkan dalam pembiasaan aktivitas sehari-hari di sekolah seperti Muroja’ah sebelum memulai pembelajran, melakukan dan mengucapkan salam kepada guru, berdoa sebelum melakukan berbagai aktivitas, dan sebagainya.

Program lain yang menjadi bentuk implementasi dari nilai-nilai Pendidikan Karakter yang diselenggarakan di SD Ar Rafi’ BHS adalah Class Building, Student of the Month, Student of the Term/Year, Class of the Month, Best Attitude Award, peringatan-peringatan Hari Besar Nasional dan Islam yang dikemas dalam bentuk kegiatan yang dapat membangun nilai-nilai Pendidikan Karakter, dan program-program lainnya.